LXL04_000636 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000636

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 11586672-11590026 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1329 bp · LXL04_000636|LXL04_000636|OH1004|cDNA

ATGCTAAGTTTCACATGCACACAACACAACACACCAAAAAGTAGCCATTCTTCCATATCCACCAAAATTCCTTCCCCTTTCCACCTTCTTCCCACCAAAACCCTCAACCAAGCTACACCATCTTCTCCAATGGCGTTTTCCTCCATCTTCAGACCTTTTACGTCTACTTGTATATGTATCTTATCCTTCAACTTTCTATTACTAGCTTCATCTGCTAGATTACCTCATCCTATCCACAACCATGGCGATATTCCCCGCCA...

CDS

下载 CDS FASTA

1329 bp · LXL04_000636|LXL04_000636|OH1004|CDS

ATGCTAAGTTTCACATGCACACAACACAACACACCAAAAAGTAGCCATTCTTCCATATCCACCAAAATTCCTTCCCCTTTCCACCTTCTTCCCACCAAAACCCTCAACCAAGCTACACCATCTTCTCCAATGGCGTTTTCCTCCATCTTCAGACCTTTTACGTCTACTTGTATATGTATCTTATCCTTCAACTTTCTATTACTAGCTTCATCTGCTAGATTACCTCATCCTATCCACAACCATGGCGATATTCCCCGCCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

442 aa · LXL04_000636|LXL04_000636|OH1004|PROTEIN

MLSFTCTQHNTPKSSHSSISTKIPSPFHLLPTKTLNQATPSSPMAFSSIFRPFTSTCICILSFNFLLLASSARLPHPIHNHGDIPRHKEPIRQSNHSECALFMGSWVHDESYPIYKASACPIIDPEFNCQMYGRPDSDYLKYRWRPANCELPRFDGLEFLTKMKGKKVMFVGDSLGRNQWESLICMTWSAVPQVATKMIRGDPLSTFKFLVKRFTDFNYSDYEVDVSFYRAPYLVDIVAVDGRRVLKLEEITKNARAWMT...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000636`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000636

位置 Chr01:11586672-11590026 (+)

描述 Similar to PMR5: Protein PMR5

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g58600`	在植物-微生物相互作用期间，需要非宿主抗性（NHR）。	Mutations in PMR5 result in powdery mildew resistance and altered cell wall composition.2004 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2004.02264.x AGB1 and PMR5 contribute to PEN2-mediated preinvasion resistance to Magnaporthe oryzae in Arabidopsis thaliana.2009 · DOI: 10.1094/mpmi-22-11-1331
`At2g30010`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献
`At1g29050`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献
`At2g34070`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献
`At2g31110`	可能作为桥联蛋白，结合果胶及其他细胞壁多糖。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000636 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0009620 response to fungus 生物过程

GO:0009827 plant-type cell wall modification 生物过程

GO:0009867 jasmonic acid mediated signaling pathway 生物过程

GO:0005576 extracellular region 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005794 Golgi apparatus 细胞组分

GO:0016020 membrane 细胞组分

GO:0016413 O-acetyltransferase activity 分子功能

GO:0043565 sequence-specific DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G29050

ath:AT2G30010

ath:AT2G31110

ath:AT2G34070

ath:AT5G58600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.150

排名 1 · LXL04_000636 · OH-1004

高尔基体0.146

排名 2 · LXL04_000636 · OH-1004

内质网0.122

排名 3 · LXL04_000636 · OH-1004

细胞外0.118

排名 4 · LXL04_000636 · OH-1004

质体0.083

排名 5 · LXL04_000636 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF14416.12PMR5N98-150 aa

PF13839.13PC-Esterase151-438 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000636	`PF14416.12`	PMR5N	98	150	1.3e-22	80.6
LXL04_000636	`PF13839.13`	PC-Esterase	151	438	2.1e-89	301.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9LUZ6`	拟南芥	Protein PMR5	59.773%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80872`	拟南芥	Protein trichome birefringence-like 45	57.867%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8VY22`	拟南芥	Protein trichome birefringence-like 38	51.576%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O22960`	拟南芥	Protein trichome birefringence-like 37	49.296%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q67XC4`	拟南芥	Protein trichome birefringence-like 40	46.802%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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