LXL04_000474 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000474

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 8628739-8630918 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1059 bp · LXL04_000474|LXL04_000474|OH1004|cDNA

ATGAATCTACTCCAAGAAGAAGGATTACAACTTAGGGAAGTTCAAAGACTAGAAGGTCACACCGATAGGGTATGGGGTCTCGCTTGGAATCCGGCCACTGGCACTGCTGCTATACCTGCCATGCTCGCTTCATGCGGCGGCGATAAGACTGTTCGTATCTGGCAACAACGAAGCCCATCCTCCACGTCATTCGATTGCAAGGCAGTGTTAGAAGAGACTCATACCCGGACAGTTAGATCATGTGCCTGGGAACCATCTGG...

CDS

下载 CDS FASTA

1059 bp · LXL04_000474|LXL04_000474|OH1004|CDS

ATGAATCTACTCCAAGAAGAAGGATTACAACTTAGGGAAGTTCAAAGACTAGAAGGTCACACCGATAGGGTATGGGGTCTCGCTTGGAATCCGGCCACTGGCACTGCTGCTATACCTGCCATGCTCGCTTCATGCGGCGGCGATAAGACTGTTCGTATCTGGCAACAACGAAGCCCATCCTCCACGTCATTCGATTGCAAGGCAGTGTTAGAAGAGACTCATACCCGGACAGTTAGATCATGTGCCTGGGAACCATCTGG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

352 aa · LXL04_000474|LXL04_000474|OH1004|PROTEIN

MNLLQEEGLQLREVQRLEGHTDRVWGLAWNPATGTAAIPAMLASCGGDKTVRIWQQRSPSSTSFDCKAVLEETHTRTVRSCAWEPSGKKLATASFDATTAILEQNGNDFDCVSTLEGHENEVKSVSWNASGSLLATCSRDKCVWIWEVLPGDEYDCVSVLQGHTQDVKMVQWHPTVDVLFSCSYDNTIKVWAEDGDSDDWRCVQTLGESNNGHTSTVWALAFNKTGDKMATCSDDLTIKIWGVDIASLQSGDDNASWRHL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000474`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000474

位置 Chr01:8628739-8630918 (+)

描述 Similar to CIA1: Protein CIA1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g26060`	细胞质铁-硫（Fe-S）蛋白装配（CIA）机制的关键组成部分。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000474 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0016226 iron-sulfur cluster assembly 生物过程

GO:0051604 protein maturation 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0097361 cytosolic [4Fe-4S] assembly targeting complex 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G26060

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.583

排名 1 · LXL04_000474 · OH-1004

细胞核0.511

排名 2 · LXL04_000474 · OH-1004

细胞膜0.077

排名 3 · LXL04_000474 · OH-1004

溶酶体／液泡0.077

排名 4 · LXL04_000474 · OH-1004

高尔基体0.063

排名 5 · LXL04_000474 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF25391.2WD40_Gbeta9-292 aa

PF25175.2Beta-prop_WDR512-148 aa

PF25174.2Beta-prop_THOC312-62 aa

PF00400.39WD4013-54 aa

PF24807.2WD40_CDC20-Fz13-89 aa

PF23381.2Beta-prop_IFT122_1st14-103 aa

PF24814.2WD40_Prp1914-148 aa

PF25172.2Beta-prop_WDR3_2nd14-241 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000474	`PF25391.2`	WD40_Gbeta	9	292	1.8e-11	44.4
LXL04_000474	`PF25175.2`	Beta-prop_WDR5	12	148	8.3e-66	222.9
LXL04_000474	`PF25174.2`	Beta-prop_THOC3	12	62	1.4e-51	175.9
LXL04_000474	`PF00400.39`	WD40	13	54	5.8e-57	188.4
LXL04_000474	`PF24807.2`	WD40_CDC20-Fz	13	89	2.2e-32	113.3
LXL04_000474	`PF23381.2`	Beta-prop_IFT122_1st	14	103	8.7e-49	167.0
LXL04_000474	`PF24814.2`	WD40_Prp19	14	148	5.8e-39	134.5
LXL04_000474	`PF25172.2`	Beta-prop_WDR3_2nd	14	241	3.9e-28	99.2
LXL04_000474	`PF24817.2`	WD40_WDHD1_1st	14	149	7.8e-27	94.9
LXL04_000474	`PF25460.2`	Beta-prop_Aladin	23	99	1.8e-16	60.9
LXL04_000474	`PF23414.2`	Beta-prop_EML_2	24	192	3.3e-27	96.2
LXL04_000474	`PF25047.1`	Beta-prop_TEP1_2nd	30	97	1.4e-21	77.5
LXL04_000474	`PF25168.2`	Beta-prop_WDR36-Utp21_2nd	37	159	2e-12	47.8
LXL04_000474	`PF24105.2`	Beta-prop_CAF1B_HIR1	41	148	4.7e-26	92.4
LXL04_000474	`PF23775.2`	Beta-prop_RIG_2nd	43	294	2e-15	57.7
LXL04_000474	`PF25173.2`	Beta-prop_WDR3_1st	69	242	6e-39	134.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O80990`	拟南芥	Protein CIA1	70.605%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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