LXL04_000366 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000366

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 6699907-6704505 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2814 bp · LXL04_000366|LXL04_000366|OH1004|cDNA

ATGGCTACTGCAAAAGCTCTTGAACCTGCATTTACAGGAGCTGGTTCTAGACCAGGGCTCGAAATATGGAGAATTGAAAATTTTCAGCCCGTACCTTTGCCAAAATCAGATTATGGTAGATTCTATTCCGGTGATTCATACGTCGTCTTGCAGACTTCTCCCGGAAGGGGAGGTAGTAATGCGTACAATATACACTTCTGGTTGGGAAAGGATACTAGCAATGATGAAGCGGGAACAGCAGCAATAAAAACAATTGAGCT...

CDS

下载 CDS FASTA

2814 bp · LXL04_000366|LXL04_000366|OH1004|CDS

ATGGCTACTGCAAAAGCTCTTGAACCTGCATTTACAGGAGCTGGTTCTAGACCAGGGCTCGAAATATGGAGAATTGAAAATTTTCAGCCCGTACCTTTGCCAAAATCAGATTATGGTAGATTCTATTCCGGTGATTCATACGTCGTCTTGCAGACTTCTCCCGGAAGGGGAGGTAGTAATGCGTACAATATACACTTCTGGTTGGGAAAGGATACTAGCAATGATGAAGCGGGAACAGCAGCAATAAAAACAATTGAGCT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

937 aa · LXL04_000366|LXL04_000366|OH1004|PROTEIN

MATAKALEPAFTGAGSRPGLEIWRIENFQPVPLPKSDYGRFYSGDSYVVLQTSPGRGGSNAYNIHFWLGKDTSNDEAGTAAIKTIELDAILGGRAVQHREIQSHESDKFLAYFKPCIVPLEGGVATGFKKPEEMEFETRLYTCRGKRVVHVRQIQFSRSLLNHDDVFILDSKEKIFQFNGANSNIQERAKALEVIQYLKDTYHEGTCNVAIVDDGKLQAEGDSGEFWVIFGGFAPIGKKVVTEDDIILDRTPGKLYSIGG...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000366`
TK1151 ID	TkA01G617320
OH-1004 ID	LXL04_000366
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	99.800
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 99.842 / OH-1004 67.236 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000366

位置 Chr01:6699907-6704505 (-)

描述 Similar to VLN2: Villin-2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At2g41740`	可能作为受 Ca²⁺ 调控的肌动蛋白结合蛋白。	Arabidopsis VILLIN2 and VILLIN3 are required for the generation of thick actin filament bundles and for directional organ growth.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.192385 Arabidopsis VILLIN2 and VILLIN3 act redundantly in sclerenchyma development via bundling of actin filaments.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.05044.x Arabidopsis villins promote actin turnover at pollen tube tips and facilitate the construction of actin collars.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.110940
`At3g57410`	结合肌动蛋白及其丝束不依赖 Ca²⁺，但切断肌动蛋白丝依赖钙离子。	Arabidopsis VILLIN1 and VILLIN3 have overlapping and distinct activities in actin bundle formation and turnover.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.076240 Arabidopsis VILLIN2 and VILLIN3 are required for the generation of thick actin filament bundles and for directional organ growth.2012 · DOI: 10.1104/pp.111.192385 Arabidopsis VILLIN2 and VILLIN3 act redundantly in sclerenchyma development via bundling of actin filaments.2012 · DOI: 10.1111/j.1365-313x.2012.05044.x
`At4g30160`	结合肌动蛋白及其丝束不依赖 Ca²⁺，但可封闭肌动蛋白丝正端并以钙依赖方式切断丝状结构。	Arabidopsis VILLIN4 is involved in root hair growth through regulating actin organization in a Ca2+-dependent manner.2011 · DOI: 10.1111/j.1469-8137.2010.03632.x The universal bundling activity of AtVLN4 in diffusely growing cells.2011 · DOI: 10.4161/psb.6.9.16501
`At5g57320`	主要肌动蛋白丝稳定因子和肌动蛋白动力学调节剂。	Arabidopsis VILLIN5, an actin filament bundling and severing protein, is necessary for normal pollen tube growth.2010 · DOI: 10.1105/tpc.110.076257 Arabidopsis villins promote actin turnover at pollen tube tips and facilitate the construction of actin collars.2013 · DOI: 10.1105/tpc.113.110940

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os03g0356700`	Ca²⁺调控的肌动蛋白结合蛋白（根据相似性）。	VLN2 Regulates Plant Architecture by Affecting Microfilament Dynamics and Polar Auxin Transport in Rice.2015 · DOI: 10.1105/tpc.15.00581

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000366 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0001558 regulation of cell growth 生物过程

GO:0007015 actin filament organization 生物过程

GO:0009630 gravitropism 生物过程

GO:0009734 auxin-activated signaling pathway 生物过程

GO:0030042 actin filament depolymerization 生物过程

GO:0048767 root hair elongation 生物过程

GO:0051014 actin filament severing 生物过程

GO:0051017 actin filament bundle assembly 生物过程

GO:0051693 actin filament capping 生物过程

GO:0051764 actin crosslink formation 生物过程

GO:0099636 cytoplasmic streaming 生物过程

GO:2000012 regulation of auxin polar transport 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41740

ath:AT3G57410

ath:AT4G30160

ath:AT5G57320

dosa:Os03g0356700

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.676

排名 1 · LXL04_000366 · OH-1004

细胞膜0.245

排名 2 · LXL04_000366 · OH-1004

细胞核0.172

排名 3 · LXL04_000366 · OH-1004

高尔基体0.132

排名 4 · LXL04_000366 · OH-1004

内质网0.083

排名 5 · LXL04_000366 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00626.28Gelsolin28-110 aa

PF00626.28Gelsolin150-219 aa

PF00626.28Gelsolin270-336 aa

PF25480.2DUF7904398-490 aa

PF00626.28Gelsolin408-482 aa

PF00626.28Gelsolin531-573 aa

PF00626.28Gelsolin655-728 aa

PF02209.25VHP902-937 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000366	`PF00626.28`	Gelsolin	28	110	2.4e-66	220.3
LXL04_000366	`PF00626.28`	Gelsolin	150	219	2.4e-66	220.3
LXL04_000366	`PF00626.28`	Gelsolin	270	336	2.4e-66	220.3
LXL04_000366	`PF25480.2`	DUF7904	398	490	4.8e-16	59.1
LXL04_000366	`PF00626.28`	Gelsolin	408	482	2.4e-66	220.3
LXL04_000366	`PF00626.28`	Gelsolin	531	573	2.4e-66	220.3
LXL04_000366	`PF00626.28`	Gelsolin	655	728	2.4e-66	220.3
LXL04_000366	`PF02209.25`	VHP	902	937	7.4e-15	55.3

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O81644`	拟南芥	Villin-2	57.688%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O81645`	拟南芥	Villin-3	56.491%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O65570`	拟南芥	Villin-4	43.644%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LVC6`	拟南芥	Villin-5	41.236%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q10L71`	水稻	Villin-2	55.321%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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