LXL04_000362 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000362

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 6618805-6621159 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2355 bp · LXL04_000362|LXL04_000362|OH1004|cDNA

ATGAAGAAGGTTTCATATCTGATTTACAAACCCAGATTCCATTATTTCTCAACATTGTCTCGCGTAACCGCGATCTCGAGCGAAGTATTAAACATCGTGCATTCAGTGGATCCGATGGAACCAGCACTCGAACAAGTAGTCCCATTCCTCTCGCCTGAAATCATAACATCCGTGCTCCAAGAACAACAAAGCCCATATCTTTGTTTCCGCTTTTTCGTCTGGGCAGCAAAAAGGAAGCAGTTTCGCAGCTGGGTTTCTCA...

CDS

下载 CDS FASTA

2355 bp · LXL04_000362|LXL04_000362|OH1004|CDS

ATGAAGAAGGTTTCATATCTGATTTACAAACCCAGATTCCATTATTTCTCAACATTGTCTCGCGTAACCGCGATCTCGAGCGAAGTATTAAACATCGTGCATTCAGTGGATCCGATGGAACCAGCACTCGAACAAGTAGTCCCATTCCTCTCGCCTGAAATCATAACATCCGTGCTCCAAGAACAACAAAGCCCATATCTTTGTTTCCGCTTTTTCGTCTGGGCAGCAAAAAGGAAGCAGTTTCGCAGCTGGGTTTCTCA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

784 aa · LXL04_000362|LXL04_000362|OH1004|PROTEIN

MKKVSYLIYKPRFHYFSTLSRVTAISSEVLNIVHSVDPMEPALEQVVPFLSPEIITSVLQEQQSPYLCFRFFVWAAKRKQFRSWVSHNLMINLLVSDNSHMFDAYWKALEEIKSYGIRIPSDAFAVLIAGYWKTKNAEKAVESFGKMKHFDCEPNLFTYNLILHILVDKDMVRLASALYNLMLKLNFHLNCSTYTILIHGCCKSKKTSDALKLFDEMTQRGIPPSKLTYTVIISGLCQDKRVADAYQLFETMKTIGIKPD...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000362`
TK1151 ID	TkA01G617420
OH-1004 ID	LXL04_000362
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	88.200
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 48.366 / OH-1004 41.071 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000362

位置 Chr01:6618805-6621159 (+)

描述 Similar to At1g79540: Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g79540

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g79540`	含五个重复肽序列蛋白 At1g79540。	暂无已核实直接文献
`At5g65560`	含五基重复肽结构蛋白 At5g65560。	暂无已核实直接文献
`At1g63080`	含五十二肽重复的线粒体蛋白At1g63080。	暂无已核实直接文献
`At1g62670`	含五肽重复序列的蛋白 At1g62670，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At1g62910`	含五百四十肽重复的蛋白 At1g62910。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000362 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006397 mRNA processing 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003729 mRNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G79540

ath:AT5G65560

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.840

排名 1 · LXL04_000362 · OH-1004

质体0.079

排名 2 · LXL04_000362 · OH-1004

细胞核0.052

排名 3 · LXL04_000362 · OH-1004

细胞质0.032

排名 4 · LXL04_000362 · OH-1004

细胞膜0.012

排名 5 · LXL04_000362 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N96-214 aa

PF13812.13PPR_3109-168 aa

PF13041.13PPR_2124-165 aa

PF13041.13PPR_2154-203 aa

PF13762.13MNE1157-241 aa

PF23276.3TPR_24162-287 aa

PF17177.11PPR_long174-302 aa

PF13812.13PPR_3183-234 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000362	`PF29070.1`	MSC6_N	96	214	1.7e-25	90.7
LXL04_000362	`PF13812.13`	PPR_3	109	168	1.1e-54	183.1
LXL04_000362	`PF13041.13`	PPR_2	124	165	1.9e-122	400.0
LXL04_000362	`PF13041.13`	PPR_2	154	203	1.9e-122	400.0
LXL04_000362	`PF13762.13`	MNE1	157	241	5.3e-09	36.9
LXL04_000362	`PF23276.3`	TPR_24	162	287	2e-34	119.1
LXL04_000362	`PF17177.11`	PPR_long	174	302	2.7e-32	112.6
LXL04_000362	`PF13812.13`	PPR_3	183	234	1.1e-54	183.1
LXL04_000362	`PF12854.14`	PPR_1	187	218	2.7e-107	350.8
LXL04_000362	`PF01535.27`	PPR	192	222	5.5e-86	277.7
LXL04_000362	`PF13041.13`	PPR_2	193	238	1.9e-122	400.0
LXL04_000362	`PF29070.1`	MSC6_N	219	315	1.7e-25	90.7
LXL04_000362	`PF12854.14`	PPR_1	220	253	2.7e-107	350.8
LXL04_000362	`PF13041.13`	PPR_2	228	273	1.9e-122	400.0
LXL04_000362	`PF01535.27`	PPR	228	257	5.5e-86	277.7
LXL04_000362	`PF13812.13`	PPR_3	248	303	1.1e-54	183.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9SAJ5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g79540	47.019%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LSL9`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g65560	29.817%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9CAN5`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g63080, mitochondrial	28.760%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q9SXD1`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62670, mitochondrial	30.620%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9LQ16`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g62910	28.219%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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