LXL04_000299 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000299

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 5566863-5567869 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

846 bp · LXL04_000299|LXL04_000299|OH1004|cDNA

ATGCTGACATTATCCCCTCTGCACTCAACTACCTACGGATGGCCCTCACAAGATTTCATCCAGAATCAGTCGAATTGCACTGATATTTCAATAGAAGCTGAAGCAAATTCATATAAATCATTTCTTGATTTCCATACATATAATGATATCCATCAAGATTTTGCCAATGAAAATTCAACATCTTCTGGCGGGATTGCAAATGGCGATTTTAGTAACCCTATGTTGAAAAAGCTCAATCATAATGCCAGTGAAAGACATCG...

CDS

下载 CDS FASTA

846 bp · LXL04_000299|LXL04_000299|OH1004|CDS

ATGCTGACATTATCCCCTCTGCACTCAACTACCTACGGATGGCCCTCACAAGATTTCATCCAGAATCAGTCGAATTGCACTGATATTTCAATAGAAGCTGAAGCAAATTCATATAAATCATTTCTTGATTTCCATACATATAATGATATCCATCAAGATTTTGCCAATGAAAATTCAACATCTTCTGGCGGGATTGCAAATGGCGATTTTAGTAACCCTATGTTGAAAAAGCTCAATCATAATGCCAGTGAAAGACATCG...

蛋白

下载蛋白 FASTA

281 aa · LXL04_000299|LXL04_000299|OH1004|PROTEIN

MLTLSPLHSTTYGWPSQDFIQNQSNCTDISIEAEANSYKSFLDFHTYNDIHQDFANENSTSSGGIANGDFSNPMLKKLNHNASERHRRKRVNDLYAFLRSVLPISSDQKKKVSIPGTVSRALKYIPELEKEIATLILKKEKLSSDSSSKDNLGQQGMKNKIGKDAKIETKPSVVSSVSVLGAKEAVIQLISSNEDMKKRKEIGFLSRVLEYLEQEEDEFVLMNATTFKCFGEETSFSTLHLQEVVILPFTPSRHKRPKSE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000299`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000299

位置 Chr01:5566863-5567869 (+)

描述 Similar to ORG2: Transcription factor ORG2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g56970`	转录因子 ORG2。	暂无已核实直接文献
`At3g56980`	转录因子 ORG3。	暂无已核实直接文献
`At2g41240`	在金属稳态中发挥作用。	Expression differences for genes involved in lignin, glutathione and sulphate metabolism in response to cadmium in Arabidopsis thaliana and the related Zn/Cd-hyperaccumulator Thlaspi caerulescens.2008 · DOI: 10.1111/j.1365-3040.2007.01764.x
`At5g04150`	转录因子 bHLH101。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2WZ60`	转录激活因子，能够结合铁（Fe）缺乏诱导基因以及参与铁稳态基因启动子中的DNA基序5'-CACGTGG-3'，从而有助于对铁缺乏的基础耐受性、土壤铁吸收和铁运输，特别是在种子成熟和萌发期间。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000299 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006351 DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0006357 regulation of transcription by RNA polymerase II 生物过程

GO:0009414 response to water deprivation 生物过程

GO:0009873 ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010104 regulation of ethylene-activated signaling pathway 生物过程

GO:0010106 cellular response to iron ion starvation 生物过程

GO:0045893 positive regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0046685 response to arsenic-containing substance 生物过程

GO:0046686 response to cadmium ion 生物过程

GO:0060586 multicellular organismal-level iron ion homeostasis 生物过程

GO:0071731 response to nitric oxide 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41240

ath:AT3G56970

ath:AT3G56980

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.947

排名 1 · LXL04_000299 · OH-1004

细胞质0.127

排名 2 · LXL04_000299 · OH-1004

细胞膜0.032

排名 3 · LXL04_000299 · OH-1004

内质网0.026

排名 4 · LXL04_000299 · OH-1004

质体0.013

排名 5 · LXL04_000299 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00010.32HLH76-129 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000299	`PF00010.32`	HLH	76	129	3.6e-12	46.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M1K1`	拟南芥	Transcription factor ORG2	38.956%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9M1K0`	拟南芥	Transcription factor ORG3	38.000%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9ZVB5`	拟南芥	Transcription factor bHLH100	34.694%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FYE6`	拟南芥	Transcription factor bHLH101	52.941%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`A2WZ60`	水稻	Protein IRON-RELATED TRANSCRIPTION FACTOR 2	36.842%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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