LXL04_000283 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000283

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 5240504-5247871 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

5042 bp · LXL04_000283|LXL04_000283|OH1004|cDNA

GAGCTGCGGGTGGCTCCAACTTCCCTTCCATTTTATCTTCACATCCCTCATTCTCTCCCATTCTCCACACGATCTTCCCCCCcttttctctctctccctctatTGTCACTCTTCATACTTACACCTACATGTTCTTGTTCTTCTAGCGTTTGCGTCTGTTGCTTGCTAGCATGTCTCTTCAGTCTGTAGCTCATGTTAATGGCTACTATTTAAAACCCACATCTGTTTTCGCTTCCAAACGGGACTTTCTGTTTCTCGAT...

CDS

下载 CDS FASTA

4893 bp · LXL04_000283|LXL04_000283|OH1004|CDS

TTGCGTCTGTTGCTTGCTAGCATGTCTCTTCAGTCTGTAGCTCATGTTAATGGCTACTATTTAAAACCCACATCTGTTTTCGCTTCCAAACGGGACTTTCTGTTTCTCGATTTTGTAGGTTTGGGCGCTAAACGGACTAATCGGAGATTGCTTGGAGCTGGTGCGAGTGTTCTCAAGAGTGTTGGAGGGTTCCCGAAGAAGAGGAACTGGCCGTCTTCAATCAAATCGGTTCTCGATTTTGATCGCGTTGATCATGTAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1630 aa · LXL04_000283|LXL04_000283|OH1004|PROTEIN

MRLLLASMSLQSVAHVNGYYLKPTSVFASKRDFLFLDFVGLGAKRTNRRLLGAGASVLKSVGGFPKKRNWPSSIKSVLDFDRVDHVDADAQQSSDSKRKVANLEDILAQRGSCGVGFIANLDNKGSHQIVEDALTALGCMEHRGGCGADNDSGDGAGLMTSIPWEFFNDWADKQGIAPFDQLHTGVGMVFLPNDESLVEQAKSIIVNIFNQEGLEVLAWRSVPVNAPIVGFYARETMPNIQQVFVRIIKEDDTDDIEREL...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000283`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000283

位置 Chr01:5240504-5247871 (-)

描述 Similar to GLU1: Ferredoxin-dependent glutamate synthase 1, chloroplastic/mitochondrial

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g04140`	参与叶中谷氨酸的生物合成。	Arabidopsis gls mutants and distinct Fd-GOGAT genes. Implications for photorespiration and primary nitrogen assimilation.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.5.741
`At2g41220`	可能在根部的初级氮同化中发挥作用。	Assimilation of excess ammonium into amino acids and nitrogen translocation in Arabidopsis thaliana--roles of glutamate synthases and carbamoylphosphate synthetase in leaves.2009 · DOI: 10.1111/j.1742-4658.2009.07114.x Arabidopsis gls mutants and distinct Fd-GOGAT genes. Implications for photorespiration and primary nitrogen assimilation.1998 · DOI: 10.1105/tpc.10.5.741

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0658400`	参与叶中谷氨酸的生物合成。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000283 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006537 glutamate biosynthetic process 生物过程

GO:0009416 response to light stimulus 生物过程

GO:0009744 response to sucrose 生物过程

GO:0009853 photorespiration 生物过程

GO:0019676 ammonia assimilation cycle 生物过程

GO:0097054 L-glutamate biosynthetic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005759 mitochondrial matrix 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0009536 plastid 细胞组分

GO:0009570 chloroplast stroma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G41220

ath:AT5G04140

dosa:Os07g0658400

zma:542710

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.384

排名 1 · LXL04_000283 · OH-1004

质体0.243

排名 2 · LXL04_000283 · OH-1004

细胞核0.152

排名 3 · LXL04_000283 · OH-1004

线粒体0.136

排名 4 · LXL04_000283 · OH-1004

过氧化物酶体0.092

排名 5 · LXL04_000283 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00310.27GATase_2113-535 aa

PF04898.21Glu_syn_central561-854 aa

PF01645.24Glu_synthase914-1297 aa

PF01493.26GXGXG1363-1603 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000283	`PF00310.27`	GATase_2	113	535	2.6e-178	593.8
LXL04_000283	`PF04898.21`	Glu_syn_central	561	854	1.1e-108	363.7
LXL04_000283	`PF01645.24`	Glu_synthase	914	1297	2.2e-156	521.4
LXL04_000283	`PF01493.26`	GXGXG	1363	1603	5e-101	337.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9ZNZ7`	拟南芥	Ferredoxin-dependent glutamate synthase 1, chloroplastic/mitochondrial	82.154%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9T0P4`	拟南芥	Ferredoxin-dependent glutamate synthase 2, chloroplastic	81.358%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q69RJ0`	水稻	Ferredoxin-dependent glutamate synthase, chloroplastic	82.236%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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