LXL04_000174 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000174

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 3619020-3622106 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

2346 bp · LXL04_000174|LXL04_000174|OH1004|cDNA

ATGTTTACGGATCCGGCTAAAATCGAGGGATTCAGCTTTTGGAGATTGACTGGTTCAATTGTTTCCATCAACATTTCTGCCACAACTCACTCGCTCACACTCTCGTCAAGTGAACATAGTGGAGGAGGACAGTTTGCAACTAAAAATTGCGCTCTGAGTTTGCACATTTCGGCGTTATATGCGTTTGTAGCTGATAAAAATGGTGGCTCCGATGTTCTAAAGGTGCAAATTAGATTGATGGAAGACAATTTAGGTTCAGA...

CDS

下载 CDS FASTA

2346 bp · LXL04_000174|LXL04_000174|OH1004|CDS

ATGTTTACGGATCCGGCTAAAATCGAGGGATTCAGCTTTTGGAGATTGACTGGTTCAATTGTTTCCATCAACATTTCTGCCACAACTCACTCGCTCACACTCTCGTCAAGTGAACATAGTGGAGGAGGACAGTTTGCAACTAAAAATTGCGCTCTGAGTTTGCACATTTCGGCGTTATATGCGTTTGTAGCTGATAAAAATGGTGGCTCCGATGTTCTAAAGGTGCAAATTAGATTGATGGAAGACAATTTAGGTTCAGA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

781 aa · LXL04_000174|LXL04_000174|OH1004|PROTEIN

MFTDPAKIEGFSFWRLTGSIVSINISATTHSLTLSSSEHSGGGQFATKNCALSLHISALYAFVADKNGGSDVLKVQIRLMEDNLGSDAVPSGPLDKNKVFAIKPLRCLVPIFPSGSGPSATQQSPFAFVAPTGPFPPGSAQFFPFVPPNESQRQPPTTTPAPDTTKSYAIPSPVPLNSFRTPTSAPPPDNGTKVTTTTTTRRSSKTLTPYDDVYTQTDNYENGFTIDTEDSGDAIKRKRKIRKTVKGSQAVAVSSSEVDI...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000174`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000174

位置 Chr01:3619020-3622106 (-)

描述 Similar to SUVH1: Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g73100`	组蛋白甲基转移酶。	暂无已核实直接文献
`At5g04940`	组蛋白甲基转移酶。	Pivotal role of AtSUVH2 in heterochromatic histone methylation and gene silencing in Arabidopsis.2005 · DOI: 10.1038/sj.emboj.7600604
`At1g17770`	组蛋白甲基转移酶。	暂无已核实直接文献
`At2g24740`	组蛋白甲基转移酶。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000174 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0008361 regulation of cell size 生物过程

GO:0032259 methylation 生物过程

GO:0040029 epigenetic regulation of gene expression 生物过程

GO:0048366 leaf development 生物过程

GO:0000775 chromosome, centromeric region 细胞组分

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005694 chromosome 细胞组分

GO:0001228 DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific 分子功能

GO:0003690 double-stranded DNA binding 分子功能

GO:0008168 methyltransferase activity 分子功能

GO:0008270 zinc ion binding 分子功能

GO:0010385 double-stranded methylated DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G17770

ath:AT1G73100

ath:AT2G24740

ath:AT5G04940

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.872

排名 1 · LXL04_000174 · OH-1004

细胞质0.112

排名 2 · LXL04_000174 · OH-1004

细胞膜0.051

排名 3 · LXL04_000174 · OH-1004

内质网0.032

排名 4 · LXL04_000174 · OH-1004

质体0.030

排名 5 · LXL04_000174 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02182.24SAD_SRA340-493 aa

PF05033.23Pre-SET523-618 aa

PF00856.34SET637-755 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000174	`PF02182.24`	SAD_SRA	340	493	1.3e-53	181.5
LXL04_000174	`PF05033.23`	Pre-SET	523	618	4.4e-19	69.6
LXL04_000174	`PF00856.34`	SET	637	755	1.6e-19	71.0

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9C5P4`	拟南芥	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH3	45.793%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FF80`	拟南芥	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH1	52.941%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C5P1`	拟南芥	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH7	41.333%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9C5P0`	拟南芥	Histone-lysine N-methyltransferase, H3 lysine-9 specific SUVH8	43.545%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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