LXL04_000155 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000155

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 3240212-3241741 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

712 bp · LXL04_000155|LXL04_000155|OH1004|cDNA

TGTAATCTTACAATTCGAAACCCCACATCCACTACCCTAACACTCTAATTTCAATACAATTACATCAGAAAGAATCTTCATGAGTTCATCCGATCGATTATTGTTCAACAGGCAGACAAGTGTTCATCAGGCTCTTGGAGCCGGACTATTCGCAGATGTGATTCTATGGAGGGATAAAAGCTTGACAATGGGGATACTTATAGTAACGCTAGCATCTTGGATGATGTTTGAAAGATCGAATTACACTTTCTTATCATATG...

CDS

下载 CDS FASTA

633 bp · LXL04_000155|LXL04_000155|OH1004|CDS

ATGAGTTCATCCGATCGATTATTGTTCAACAGGCAGACAAGTGTTCATCAGGCTCTTGGAGCCGGACTATTCGCAGATGTGATTCTATGGAGGGATAAAAGCTTGACAATGGGGATACTTATAGTAACGCTAGCATCTTGGATGATGTTTGAAAGATCGAATTACACTTTCTTATCATATGTCTCCAATGTTCTCTTACTTCTGCTCCTCATTCTTTTCCTTTGGGCCAAATCAGCACAAATTCTCAACAGACCTACACC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

210 aa · LXL04_000155|LXL04_000155|OH1004|PROTEIN

MSSSDRLLFNRQTSVHQALGAGLFADVILWRDKSLTMGILIVTLASWMMFERSNYTFLSYVSNVLLLLLLILFLWAKSAQILNRPTPPIPYLQLSEETTNEAAALIREQINRVLSLSHDIALGKDPKMFAKVAVYLFLMSTIGSLTDFRTLCYTSVFVALTVPVCYERYEEHVESVLVKANKKLKELYIRFDEECIKKVRKWILETNKLT

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000155`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000155

位置 Chr01:3240212-3241741 (-)

描述 Similar to RTNLB12: Reticulon-like protein B12

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At3g54120`	类网状蛋白 B12。	暂无已核实直接文献
`At3g19460`	类网状蛋白 B11。	暂无已核实直接文献
`At3g10915`	类网状蛋白 B16。	暂无已核实直接文献
`At5g41600`	通过与 VirB2（T-菌毛的主要成分）相互作用，在农杆菌介导的植物转化中发挥作用。	Plant proteins that interact with VirB2, the Agrobacterium tumefaciens pilin protein, mediate plant transformation.2004 · DOI: 10.1105/tpc.104.026476
`At2g46170`	类网状蛋白B5。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000155 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009617 response to bacterium 生物过程

GO:0071786 endoplasmic reticulum tubular network organization 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

GO:0005789 endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

GO:0071782 endoplasmic reticulum tubular network 细胞组分

GO:0098554 cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G46170

ath:AT3G10915

ath:AT3G19460

ath:AT3G54120

ath:AT5G41600

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

内质网0.653

排名 1 · LXL04_000155 · OH-1004

细胞膜0.128

排名 2 · LXL04_000155 · OH-1004

细胞质0.126

排名 3 · LXL04_000155 · OH-1004

溶酶体／液泡0.103

排名 4 · LXL04_000155 · OH-1004

高尔基体0.101

排名 5 · LXL04_000155 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF02453.24Reticulon24-179 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000155	`PF02453.24`	Reticulon	24	179	7.1e-52	176.2

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q9M392`	拟南芥	Reticulon-like protein B12	53.125%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9LT71`	拟南芥	Reticulon-like protein B11	42.045%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q8GYH6`	拟南芥	Reticulon-like protein B16	37.681%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FFS0`	拟南芥	Reticulon-like protein B4	38.021%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`O82352`	拟南芥	Reticulon-like protein B5	37.500%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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