LXL04_000123 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000123

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 2798539-2800464 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1926 bp · LXL04_000123|LXL04_000123|OH1004|cDNA

ATGCCCAGCAGCGTTACTATCGTTACTTTAATCAGGAAACGACTGAGTTCAAAAGGGTTCTCCCAAATTCGGCACTTTTCAGTTATCAGCCCAAAAAAATCACCCGAAAACGAGCAAAATCCAGAGACCGAAGCACCAATTCATGAAGACATTTTTAAATCTGGCCAGAAACTGGGTTCCTTTAGAGTGGGTGACTCCACATTTTACACCCTCATCGACAACTTCGCAAAAACAGGAGACTTCATATCGTTGGAGAAGGT...

CDS

下载 CDS FASTA

1926 bp · LXL04_000123|LXL04_000123|OH1004|CDS

ATGCCCAGCAGCGTTACTATCGTTACTTTAATCAGGAAACGACTGAGTTCAAAAGGGTTCTCCCAAATTCGGCACTTTTCAGTTATCAGCCCAAAAAAATCACCCGAAAACGAGCAAAATCCAGAGACCGAAGCACCAATTCATGAAGACATTTTTAAATCTGGCCAGAAACTGGGTTCCTTTAGAGTGGGTGACTCCACATTTTACACCCTCATCGACAACTTCGCAAAAACAGGAGACTTCATATCGTTGGAGAAGGT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

641 aa · LXL04_000123|LXL04_000123|OH1004|PROTEIN

MPSSVTIVTLIRKRLSSKGFSQIRHFSVISPKKSPENEQNPETEAPIHEDIFKSGQKLGSFRVGDSTFYTLIDNFAKTGDFISLEKVFSQMKRERRVFTENNFILVFKAYGKAKKPMKALDLFDKMWVEYQCRPTVRSFNSVINVVIQEGFLHKALDFYTSIIIQEKRVSPNVLTYNLILKVLCRLQLIDKAIETLREMPFKKCTPDVFTYCTLMDGLCKEDRINEAVCLLDEMQVEGCFPNAPTFNVLINGLCKKGDLS...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000123`
TK1151 ID	TkA01G632620
OH-1004 ID	LXL04_000123
关系 / 置信度	跨参考版本对应关系 / 待复核
蛋白一致性 (%)	85.300
蛋白覆盖度 (%)	TK1151 100.000 / OH-1004 100.000 覆盖度与证据说明覆盖度为最高分比对片段的序列跨度占代表蛋白长度的比例。同源匹配不等同于功能验证。
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000123

位置 Chr01:2798539-2800464 (+)

描述 Similar to EMB1025: Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20090

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At4g20090`	可能在胚胎发生中起作用。	暂无已核实直接文献
`At5g64320`	含五螺旋肽重复的蛋白 At5g64320，线粒体。	暂无已核实直接文献
`At5g39710`	含五重复肽序列蛋白 At5g39710。	暂无已核实直接文献
`At1g74580`	推定含五复肽重复的蛋白 At1g74580。	暂无已核实直接文献
`At1g09900`	含五重复肽结构蛋白 At1g09900。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000123 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0032543 mitochondrial translation 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0009507 chloroplast 细胞组分

GO:0003723 RNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G20090

ath:AT5G64320

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

线粒体0.834

排名 1 · LXL04_000123 · OH-1004

质体0.096

排名 2 · LXL04_000123 · OH-1004

细胞核0.057

排名 3 · LXL04_000123 · OH-1004

细胞质0.030

排名 4 · LXL04_000123 · OH-1004

细胞膜0.011

排名 5 · LXL04_000123 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF29070.1MSC6_N65-196 aa

PF17177.11PPR_long95-235 aa

PF13041.13PPR_2134-185 aa

PF23276.3TPR_24164-265 aa

PF12854.14PPR_1168-199 aa

PF13041.13PPR_2171-220 aa

PF12854.14PPR_1203-235 aa

PF01535.27PPR209-239 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000123	`PF29070.1`	MSC6_N	65	196	3.9e-31	109.2
LXL04_000123	`PF17177.11`	PPR_long	95	235	3.2e-26	92.7
LXL04_000123	`PF13041.13`	PPR_2	134	185	5.1e-149	485.0
LXL04_000123	`PF23276.3`	TPR_24	164	265	2.2e-28	99.5
LXL04_000123	`PF12854.14`	PPR_1	168	199	8.7e-126	410.0
LXL04_000123	`PF13041.13`	PPR_2	171	220	5.1e-149	485.0
LXL04_000123	`PF12854.14`	PPR_1	203	235	8.7e-126	410.0
LXL04_000123	`PF01535.27`	PPR	209	239	1.8e-97	313.7
LXL04_000123	`PF29070.1`	MSC6_N	210	302	3.9e-31	109.2
LXL04_000123	`PF13041.13`	PPR_2	213	255	5.1e-149	485.0
LXL04_000123	`PF17177.11`	PPR_long	224	336	3.2e-26	92.7
LXL04_000123	`PF13812.13`	PPR_3	230	285	1.5e-58	195.5
LXL04_000123	`PF12854.14`	PPR_1	238	269	8.7e-126	410.0
LXL04_000123	`PF13041.13`	PPR_2	241	289	5.1e-149	485.0
LXL04_000123	`PF01535.27`	PPR	245	274	1.8e-97	313.7
LXL04_000123	`PF23276.3`	TPR_24	261	374	2.2e-28	99.5

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`O49436`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20090	58.224%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FMF6`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g64320, mitochondrial	30.240%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9FIX3`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At5g39710	30.427%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q9CA58`	拟南芥	Putative pentatricopeptide repeat-containing protein At1g74580	30.268%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据
`Q3EDF8`	拟南芥	Pentatricopeptide repeat-containing protein At1g09900	30.905%	Swiss-Prot	中等数据库同源证据

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