LXL04_000113 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000113

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 2563645-2567070 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1290 bp · LXL04_000113|LXL04_000113|OH1004|cDNA

ATGGGTAATTGCGGTACTCGCGAAGAAGCTGCTGTTGTTTCAGATGCTCATCATCAAGCTAAGCAGCTACAAGTGATATCTGGTAAACATCAGGGTTTGGAGAAGAAGCATAGTCGGTCAATTTCGGATCTGAGCGATCCTTCTACACCGCGTAACAATGTGAACGTAATTGAGGATTTAAGAAATAACTCGCTGTTATATACTCATGTCATTGCCTTCACGTTGTTCGAGCTTGAAACCATTACCAAGAGCTTTAGGTC...

CDS

下载 CDS FASTA

1290 bp · LXL04_000113|LXL04_000113|OH1004|CDS

ATGGGTAATTGCGGTACTCGCGAAGAAGCTGCTGTTGTTTCAGATGCTCATCATCAAGCTAAGCAGCTACAAGTGATATCTGGTAAACATCAGGGTTTGGAGAAGAAGCATAGTCGGTCAATTTCGGATCTGAGCGATCCTTCTACACCGCGTAACAATGTGAACGTAATTGAGGATTTAAGAAATAACTCGCTGTTATATACTCATGTCATTGCCTTCACGTTGTTCGAGCTTGAAACCATTACCAAGAGCTTTAGGTC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

429 aa · LXL04_000113|LXL04_000113|OH1004|PROTEIN

MGNCGTREEAAVVSDAHHQAKQLQVISGKHQGLEKKHSRSISDLSDPSTPRNNVNVIEDLRNNSLLYTHVIAFTLFELETITKSFRSDYILGEGGFGTVYKGYIDENVRVGLKSLPVAVKVLNKEGLQGHREWLTEVNFLGQLRHPNLVKLIGYCCEDDHRLLVYEFMFRGSLENHLFRSTTLETSAPLSWPTRMMIALGAAKGLAFLHNAERPVIYRDFKTSNILLDSDYTAKLSDFGLAKAGPQGDETHVSTRVMGTY...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000113`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000113

位置 Chr01:2563645-2567070 (+)

描述 Similar to PBL8: Probable serine/threonine-protein kinase PBL8

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g01020`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At2g05940`	丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶参与抗病性。	xopAC-triggered immunity against Xanthomonas depends on Arabidopsis receptor-like cytoplasmic kinase genes PBL2 and RIPK.2013 · DOI: 10.1371/journal.pone.0073469 Pseudomonas syringae Effector AvrPphB Suppresses AvrB-Induced Activation of RPM1 but Not AvrRpm1-Induced Activation.2015 · DOI: 10.1094/mpmi-08-14-0248-r
`At5g56460`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献
`At2g07180`	可能参与植物防御信号传导。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000113 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0002238 response to molecule of fungal origin 生物过程

GO:0006468 protein phosphorylation 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0012501 programmed cell death 生物过程

GO:0032491 detection of molecule of fungal origin 生物过程

GO:0042742 defense response to bacterium 生物过程

GO:0050832 defense response to fungus 生物过程

GO:0062207 regulation of pattern recognition receptor signaling pathway 生物过程

GO:1903428 positive regulation of reactive oxygen species biosynthetic process 生物过程

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0005886 plasma membrane 细胞组分

GO:0009506 plasmodesma 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G05940

ath:AT2G07180

ath:AT5G01020

ath:AT5G56460

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞膜0.658

排名 1 · LXL04_000113 · OH-1004

细胞质0.267

排名 2 · LXL04_000113 · OH-1004

细胞核0.247

排名 3 · LXL04_000113 · OH-1004

内质网0.038

排名 4 · LXL04_000113 · OH-1004

高尔基体0.031

排名 5 · LXL04_000113 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00069.32Pkinase88-363 aa

PF07714.24PK_Tyr_Ser-Thr90-365 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000113	`PF00069.32`	Pkinase	88	363	7.3e-45	154.1
LXL04_000113	`PF07714.24`	PK_Tyr_Ser-Thr	90	365	1.4e-46	159.6

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8GXZ3`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL8	77.674%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9ZUF4`	拟南芥	Serine/threonine-protein kinase RIPK	69.184%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q9FM85`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL16	60.053%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q8H1E3`	拟南芥	Probable serine/threonine-protein kinase PBL17	64.881%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

JBrowse

在基因组浏览器中查看

基因详情