LXL04_000101 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000101

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 2349312-2350943 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

738 bp · LXL04_000101|LXL04_000101|OH1004|cDNA

ATGCAGACTTCCTCATCTTCTTCCCTATGTGCTATCGTTCCTGTAGATTGCATTCGGAACTGTTCAAATCAGCTAGCATATCCTTGCAGTCTCAGTTTGGGGTTATCAAGAGGGAGCAGAGAGCTCAAGGTTTCTCGATTGAAGGCTGGCTTCTGGGAATCCATTAGATCTGGGTTGACAAAGAACAACTCAACACAGGTTATAGAACCACCTTCTTCTACTTctaaagaagatgaagaagaaccTCTACCAGAAGAATT...

CDS

下载 CDS FASTA

738 bp · LXL04_000101|LXL04_000101|OH1004|CDS

ATGCAGACTTCCTCATCTTCTTCCCTATGTGCTATCGTTCCTGTAGATTGCATTCGGAACTGTTCAAATCAGCTAGCATATCCTTGCAGTCTCAGTTTGGGGTTATCAAGAGGGAGCAGAGAGCTCAAGGTTTCTCGATTGAAGGCTGGCTTCTGGGAATCCATTAGATCTGGGTTGACAAAGAACAACTCAACACAGGTTATAGAACCACCTTCTTCTACTTCTAAAGAAGATGAAGAAGAACCTCTACCAGAAGAATT...

蛋白

下载蛋白 FASTA

245 aa · LXL04_000101|LXL04_000101|OH1004|PROTEIN

MQTSSSSSLCAIVPVDCIRNCSNQLAYPCSLSLGLSRGSRELKVSRLKAGFWESIRSGLTKNNSTQVIEPPSSTSKEDEEEPLPEEFVLIEKTLPDGTIEQIIFSSGGDVDIYDLQALCDKVGWPRRPLSKLAAALRNSYMVATLHSIKKSSTGEELNEKKLIGMARATSDHAFNATIWDVLVDPTYQGQGLGKALIEKIIRALLQRDIGNITLFADSKVVDFYRNLGFEADPEGIKGMFWYPRF

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000101`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000101

位置 Chr01:2349312-2350943 (+)

描述 Similar to TAP2: Probable acetyltransferase TAP2

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At1g32070`	具有双重特异性的蛋白乙酰转移酶，可催化N端α-乙酰化（NTA），偏好丙氨酸、丝氨酸、苏氨酸、甲硫氨酸，较弱利用缬氨酸，也可利用甘氨酸和亮氨酸；还可催化多种质体蛋白的赖氨酸ε-乙酰化（KA）。	Cloning of Arabidopsis serotonin N-acetyltransferase and its role with caffeic acid O-methyltransferase in the biosynthesis of melatonin in vitro despite their different subcellular localizations.2014 · DOI: 10.1111/jpi.12181 Melatonin Improved Anthocyanin Accumulation by Regulating Gene Expressions and Resulted in High Reactive Oxygen Species Scavenging Capacity in Cabbage.2016 · DOI: 10.3389/fpls.2016.00197 Melatonin induction and its role in high light stress tolerance in Arabidopsis thaliana.2018 · DOI: 10.1111/jpi.12504 Chloroplast Acetyltransferase NSI Is Required for State Transitions in Arabidopsis thaliana.2018 · DOI: 10.1105/tpc.18.00155 Daily rhythms of phytomelatonin signaling modulate diurnal stomatal closure via regulating reactive oxygen species dynamics in Arabidopsis.2020 · DOI: 10.1111/jpi.12640 Melatonin Represses Oil and Anthocyanin Accumulation in Seeds.2020 · DOI: 10.1104/pp.20.00117 Melatonin Regulates Chloroplast Protein Quality Control via a Mitogen-Activated Protein Kinase Signaling Pathway.2021 · DOI: 10.3390/antiox10040511 Melatonin inhibits seed germination by crosstalk with abscisic acid, gibberellin, and auxin in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.1111/jpi.12736 CAND2/PMTR1 Is Required for Melatonin-Conferred Osmotic Stress Tolerance in Arabidopsis.2021 · DOI: 10.3390/ijms22084014 Roles of Endogenous Melatonin in Resistance to Botrytis cinerea Infection in an Arabidopsis Model.2021 · DOI: 10.3389/fpls.2021.683228 H2S aids osmotic stress resistance by S-sulfhydration of melatonin production-related enzymes in Arabidopsis thaliana.2022 · DOI: 10.1007/s00299-021-02813-2

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`UniProt: A2Y5T7`	催化血清素的N-乙酰化生成N-乙酰血清素，这是褪黑素合成的倒数第二步。	暂无已核实直接文献
`Os05g0481000`	催化血清素 N-乙酰化成 N-乙酰血清素，这是合成褪黑素的倒数第二步。	Molecular cloning of rice serotonin N-acetyltransferase, the penultimate gene in plant melatonin biosynthesis.2013 · DOI: 10.1111/jpi.12011 Cellular localization and kinetics of the rice melatonin biosynthetic enzymes SNAT and ASMT.2014 · DOI: 10.1111/jpi.12103 Cloning and characterization of the serotonin N-acetyltransferase-2 gene (SNAT2) in rice (Oryza sativa).2016 · DOI: 10.1111/jpi.12339 Overexpression of rice serotonin N-acetyltransferase 1 in transgenic rice plants confers resistance to cadmium and senescence and increases grain yield.2017 · DOI: 10.1111/jpi.12392

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000101 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006474 N-terminal protein amino acid acetylation 生物过程

GO:0006515 protein quality control for misfolded or incompletely synthesized proteins 生物过程

GO:0006952 defense response 生物过程

GO:0006970 response to osmotic stress 生物过程

GO:0007623 circadian rhythm 生物过程

GO:0009409 response to cold 生物过程

GO:0009644 response to high light intensity 生物过程

GO:0010027 thylakoid membrane organization 生物过程

GO:0010187 negative regulation of seed germination 生物过程

GO:0010344 seed oilbody biogenesis 生物过程

GO:0010555 response to mannitol 生物过程

GO:0018394 peptidyl-lysine acetylation 生物过程

KEGG 基因交叉引用

ath:AT1G32070

dosa:Os05g0481000

osa:4339123

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

质体0.984

排名 1 · LXL04_000101 · OH-1004

线粒体0.024

排名 2 · LXL04_000101 · OH-1004

细胞质0.023

排名 3 · LXL04_000101 · OH-1004

细胞核0.023

排名 4 · LXL04_000101 · OH-1004

过氧化物酶体0.015

排名 5 · LXL04_000101 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00583.32Acetyltransf_1157-229 aa

PF13508.14Acetyltransf_7159-230 aa

PF13673.14Acetyltransf_10159-232 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000101	`PF00583.32`	Acetyltransf_1	157	229	5.6e-14	53.1
LXL04_000101	`PF13508.14`	Acetyltransf_7	159	230	3.3e-12	47.3
LXL04_000101	`PF13673.14`	Acetyltransf_10	159	232	1.5e-11	45.1

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7X9V3`	拟南芥	GCN5-related N-acetyltransferase 2, chloroplastic	70.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`A2Y5T7`	水稻	Serotonin N-acetyltransferase 1, chloroplastic	75.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q5KQI6`	水稻	Serotonin N-acetyltransferase 1, chloroplastic	75.000%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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