LXL04_000062 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000062

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 1415124-1416398 链方向: + 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

1034 bp · LXL04_000062|LXL04_000062|OH1004|cDNA

AACATATAAAGGCGAAAACGGGCACAAGCCACACCCTTGCAGCCACTGCATAGTATCCCCAAACAGCCTCCattcacacacacacacacacacagtgCTACGAATCAATGGACGGAACCGGAGTAGTGGCGGTGTACGGCAACGGTGCTCTGACGGAGAGCAAGAAATCACCATACTCCGTCAAGGTCGGCCTCGCTCAGATGCTTCGTGGCGGCGTCATCATGGACGTCGTCAACGCAGAACAAGCCCGCATAGCCGAA...

CDS

下载 CDS FASTA

927 bp · LXL04_000062|LXL04_000062|OH1004|CDS

ATGGACGGAACCGGAGTAGTGGCGGTGTACGGCAACGGTGCTCTGACGGAGAGCAAGAAATCACCATACTCCGTCAAGGTCGGCCTCGCTCAGATGCTTCGTGGCGGCGTCATCATGGACGTCGTCAACGCAGAACAAGCCCGCATAGCCGAAGAAGCCGGCGCCTGTGCTGTCATGGCCCTAGAGCGTGTCCCAGCAGACATCCGTGCGCAAGGCGGCGTTGCTCGGATGAGCGACCCACAACTGATAAAGGAAATCAA...

蛋白

下载蛋白 FASTA

308 aa · LXL04_000062|LXL04_000062|OH1004|PROTEIN

MDGTGVVAVYGNGALTESKKSPYSVKVGLAQMLRGGVIMDVVNAEQARIAEEAGACAVMALERVPADIRAQGGVARMSDPQLIKEIKQAVTIPVMAKARIGHFVEAQILEAIGVDYVDESEVLTLADDMNHINKHNFRIPFVCGCRNLGEALRRIREGAAMIRTKGEAGTGNIIEAVRHVRSVMGDIRVLANMDDDEVFTFAKKIAAPYDLVMQTKQLGRLPVVQFAAGGVATPADAALMMQLGCDGVFVGSGVFKSGDP...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000062`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000062

位置 Chr01:1415124-1416398 (+)

描述 Similar to PDX1: Probable pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g01410`	催化由核糖-5-磷酸（RBP）、甘油醛-3-磷酸（G3P）和氨生成吡哆醛-5'-磷酸。	暂无已核实直接文献
`At2g38230`	催化由核糖-5-磷酸（RBP）、甘油醛-3-磷酸（G3P）和氨生成吡哆醛-5'-磷酸。	暂无已核实直接文献

水稻

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`Os07g0100200`	催化由核糖-5-磷酸（RBP）、甘油醛-3-磷酸（G3P）和氨生成吡哆醛-5'-磷酸。	暂无已核实直接文献

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000062 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0006520 amino acid metabolic process 生物过程

GO:0006979 response to oxidative stress 生物过程

GO:0006982 response to lipid hydroperoxide 生物过程

GO:0008615 pyridoxine biosynthetic process 生物过程

GO:0009651 response to salt stress 生物过程

GO:0010224 response to UV-B 生物过程

GO:0010335 response to non-ionic osmotic stress 生物过程

GO:0015994 chlorophyll metabolic process 生物过程

GO:0042538 hyperosmotic salinity response 生物过程

GO:0042823 pyridoxal phosphate biosynthetic process 生物过程

GO:0005737 cytoplasm 细胞组分

GO:0005783 endoplasmic reticulum 细胞组分

KEGG 基因交叉引用

ath:AT2G38230

ath:AT5G01410

dosa:Os07g0100200

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞质0.715

排名 1 · LXL04_000062 · OH-1004

细胞核0.296

排名 2 · LXL04_000062 · OH-1004

细胞膜0.101

排名 3 · LXL04_000062 · OH-1004

内质网0.061

排名 4 · LXL04_000062 · OH-1004

线粒体0.045

排名 5 · LXL04_000062 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF01680.24SOR_SNZ24-228 aa

PF05690.21ThiG208-272 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000062	`PF01680.24`	SOR_SNZ	24	228	4.1e-112	373.7
LXL04_000062	`PF05690.21`	ThiG	208	272	8.6e-11	42.4

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q8L940`	拟南芥	Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.3	92.557%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`O80448`	拟南芥	Pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1	89.320%	Swiss-Prot	强数据库同源证据
`Q69LA6`	水稻	Probable pyridoxal 5'-phosphate synthase subunit PDX1.1	86.667%	Swiss-Prot	强数据库同源证据

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