LXL04_000004 | RubberDandelionOmics

基因概览

LXL04_000004

当前版本: OH-1004 染色体: Chr01 坐标: 91872-97366 链方向: - 类型: protein_coding

cDNA / CDS / 蛋白序列

可用序列下载 CDS FASTA 蛋白 FASTA cDNA FASTA

cDNA

3771 bp · LXL04_000004|LXL04_000004|OH1004|cDNA

ATGTCTACGTGGCAAATATTCTCAGACGCCGGGAATAGTTTCCGGTGGCAATGCTCCCACATCAAGCTCTCAAGTGAGCCACCAAAAGCCCTAATCGAGAAACCTAGATCTCCACACCATCTCCCTTCTATCGCCGATCTCTTGGTTCAAGGATTCTCAAAGCTATATGAGGATCAAAGTGATGAAATTGAGACCCCTCCGTCTTTCCAAAATGGATTGGGGAAACCAGTTGTCGTGAATCAACCTTCCTTGGTAAAAGC...

CDS

下载 CDS FASTA

3771 bp · LXL04_000004|LXL04_000004|OH1004|CDS

ATGTCTACGTGGCAAATATTCTCAGACGCCGGGAATAGTTTCCGGTGGCAATGCTCCCACATCAAGCTCTCAAGTGAGCCACCAAAAGCCCTAATCGAGAAACCTAGATCTCCACACCATCTCCCTTCTATCGCCGATCTCTTGGTTCAAGGATTCTCAAAGCTATATGAGGATCAAAGTGATGAAATTGAGACCCCTCCGTCTTTCCAAAATGGATTGGGGAAACCAGTTGTCGTGAATCAACCTTCCTTGGTAAAAGC...

蛋白

下载蛋白 FASTA

1256 aa · LXL04_000004|LXL04_000004|OH1004|PROTEIN

MSTWQIFSDAGNSFRWQCSHIKLSSEPPKALIEKPRSPHHLPSIADLLVQGFSKLYEDQSDEIETPPSFQNGLGKPVVVNQPSLVKASSILEDQDDEATVLSKTNQNGEIETPPTIRTGLGKPVVVKESSMVKASSILGDQDDVATVLPKTNQNGEIETPPTFRTGLGKPVVVKQSSLVKAAAILGDQNDEFSVGYSKLHENQIGEIETPPTFRTGSGKPVTVKQSSMVKASSIVGDEDDRSNFLSKSGYSKLHENQNGE...

上下游序列下载

序列方向与下载说明

上游/下游最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

多版本 ID 对照

输入 ID	`LXL04_000004`
版本	OH-1004 / GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0

查看完整 ID 对照表

SNP / Indel 变异与样本携带情况CRA009020 · OH-1004

展开后加载该基因的变异记录。

基因基本信息与功能注释

基因 ID LXL04_000004

位置 Chr01:91872-97366 (-)

描述 Similar to BRCA2B: Protein BREAST CANCER SUSCEPTIBILITY 2 homolog B

拟南芥 / 水稻参考基因与文献

下载当前基因文献

拟南芥

参考基因 ID	可能功能	对应论文 / DOI
`At5g01630`	通过介导RAD51和DMC1促进的DNA修复，参与双链断裂修复和/或同源重组。	暂无已核实直接文献
`UniProt: Q7Y1C5`	通过介导RAD51和DMC1促进的DNA修复，参与双链断裂修复和/或同源重组。	暂无已核实直接文献

水稻

当前来源表未检出该物种的同源命中。

功能注释来源

查看注释来源

功能注释来源：OH1004 · LXL04_000004 · GCA_047496595.1_OSU_TarKok_2.0。

GO 注释（OH1004 来源）

GO:0000724 double-strand break repair via homologous recombination 生物过程

GO:0006355 regulation of DNA-templated transcription 生物过程

GO:0009553 embryo sac development 生物过程

GO:0009793 embryo development ending in seed dormancy 生物过程

GO:0031347 regulation of defense response 生物过程

GO:0048314 embryo sac morphogenesis 生物过程

GO:0051321 meiotic cell cycle 生物过程

GO:0005634 nucleus 细胞组分

GO:0005739 mitochondrion 细胞组分

GO:0003697 single-stranded DNA binding 分子功能

KEGG 基因交叉引用

ath:AT4G00020

ath:AT5G01630

以下为同源蛋白关联的 KEGG 基因编号，不代表本基因已获得通路功能验证。

打开注释模块

基因表达

查看该基因在不同研究、组织与处理条件下的表达量。表达结果按研究与计量单位分别展示。

查看该基因的表达量

数据来源与对应关系说明

表达数据来自公开转录组研究；参考版本、样本信息和表达单位见查询结果。跨参考版本的对应关系不唯一时，不自动选择表达记录；缺失值不视为表达量为零。

亚细胞定位 Top 5

以下为计算预测或同源注释，不能替代定位实验。

细胞核0.865

排名 1 · LXL04_000004 · OH-1004

细胞质0.176

排名 2 · LXL04_000004 · OH-1004

线粒体0.031

排名 3 · LXL04_000004 · OH-1004

细胞膜0.023

排名 4 · LXL04_000004 · OH-1004

质体0.013

排名 5 · LXL04_000004 · OH-1004

LocPro · 直接预测 · 计算预测，非定位实验结果

进入亚细胞定位查询

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A/HMMER；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

PF00634.24BRCA2468-495 aa

PF09169.16BRCA-2_helical727-773 aa

PF09103.17BRCA-2_OB1798-868 aa

基因 ID	结构域编号	结构域名称	起始 aa	终止 aa	E 值	评分
LXL04_000004	`PF00634.24`	BRCA2	468	495	3.4e-40	135.7
LXL04_000004	`PF09169.16`	BRCA-2_helical	727	773	1.8e-14	54.5
LXL04_000004	`PF09103.17`	BRCA-2_OB1	798	868	2.8e-19	69.9

拟南芥 / 水稻蛋白同源

仅展示拟南芥和水稻；Swiss-Prot 为人工审校条目，TrEMBL 为补充序列候选。同源相似性不等同于实验验证。

下载当前结果

蛋白	物种	描述	一致性	数据库	置信等级
`Q7Y1C4`	拟南芥	Protein BREAST CANCER SUSCEPTIBILITY 2 homolog B	55.172%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据
`Q7Y1C5`	拟南芥	Protein BREAST CANCER SUSCEPTIBILITY 2 homolog A	54.274%	Swiss-Prot	低置信数据库同源证据

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